Molekulė – mažiausia medžiagos dalelė, turinti pagrindines tos medžiagos chemines savybes. Molekulė susideda mažiausiai iš dviejų atomų. Atomai gali būti tokie patys arba skirtingi. Didelės molekulės susideda iš tūkstančio ir daugiau atomų. Geriausiai molekulių savybės išryškėja dujinėje būsenoje, nes čia sąveika tarp molekulių silpniausia, todėl į molekules galima žiūrėti kaip į atskirus nesąveikaujančius rutuliukus. Molekulės masė lygi ją sudarančių atomų masių sumai.